Medicina Basada en la Evidencia

Estadística básica – 638 – Anexo 1. Realización de una tabla de supervivencia en R 1. Cargar la librería necesaria (survival): > library(survival) 2. Cargar los datos (el archivo debe estar en el directorio de trabajo o incluir su ruta de acceso en el comando). Se cargan como un objeto llamado Dataset: > load(“BaseDatosSupervivencia_LM.RData”) > attach(Dataset) 3. Crear un objeto de supervivencia con la variable que marca el tiempo y la que especifica si hubo censura: > surv_obj <- Surv(LactDuracionHasta12m, LactanMenos12mes) . 4. Crear la tabla, utilizando la función survfit(): > tbl_surv <- survfit(surv_obj~1, data = Dataset) 5. Mostrar la tabla con la función summary(): > summary(tbl_surv) Anexo 2 . Realización de una curva de supervivencia 1. Lanzar RCommander 2. Cargar plugin RcmdrPlugin.survival, necesario para realizar cálculos de supervivencia: ■ Herramientas\Cargar plugin(s) de Rcmdr\\Seleccionar el plugin y pulsar “Aceptar” 3. Cargar esta base de datos 4. Realizar el gráfico global de supervivencia: ■ Estadísticos\Análisis de supervivencia\Estimación de la función de supervivencia\\Tiempo o tiempos de comienzo (elegimos Tiempo), Indicador de evento (UCISiNo) ■ Simplificamos la curva indicando al programa que no muestra los intervalos de confianza ni las marcas de los datos censurados: Pestaña Opciones\\Marcar Ninguna en Intervalos de confianza\Marcar tiempos de censura (desmarcar la casilla) 5. Pulsar “Aceptar” Veamos un ejemplo: Utilizaremos un programa de acceso libre, el softwa- re estadístico R ( https://www.r-project.org/ ) con el plugin RCommander y la base de datos descrita en el ejemplo anterior. Continuando con el ejemplo ante- rior, en el Anexo 4 de este capítulo le mostramos las instrucciones para la realización de la prueba. En la Tabla 3 se muestra cómo el programa ha cons- truido una tabla con el número de eventos observa- dos y esperados en ambos grupos. A partir de estos valores obtiene un estadístico ji-cuadrado de 8 con 1 grado de libertad. El valor de p es menor de 0,05 ( p = 0,005), por lo que podemos rechazar la hipótesis nula de igualdad y concluir que existe una diferencia esta- dísticamente significativa entre las curvas de supervi- vencia de los dos grupos comparados. Tabla 3. Tabla de casos observados y esperados en la prueba de log-rank N Observados Esperados (O-E) 2 /E (O-E) 2 /V >3 m 142 8 15,8 3,86 7,97 <3 m 148 24 16,2 3,77 7,97 E: número esperado de eventos en ese grupo si las curvas de supervivencia fueran iguales entre los grupos; O: número observado de eventos en un grupo de pacientes; V: varianza de E.