Medicina Basada en la Evidencia

Estadística básica – 678 – 8. Herramientas: contiene opciones para cargar pa- quetes adicionales ( plugins ), manejar los entornos de R, etc. 9. Ayuda: ofrece opciones para acceder a la documen- tación y ayuda relacionada con RCommander y R en general. También puede obtenerse información so- bre la versión actual y buscar actualizaciones. A la hora de realizar análisis con RCommander, proce- deremos a cargar o establecer el conjunto de datos ac- tivo para, seguidamente, ir seleccionando las opciones de los menús que sean necesarias para cada prueba estadística o cada gráfico que deseemos realizar. Como ya hemos dicho, el programa reproduce el coman- do equivalente a la selección de los elementos del menú. Siempre podemos volver a ejecutar esos comandos se- leccionándolos y pulsando el botón “Ejecutar”. También es posible modificar la sintaxis de los comandos genera- dos de forma automática, con lo que es posible cambiar las opciones que el programa ejecuta por defecto. A lo largo de los capítulos de estadística de este trata- do se ha empleado R y RCommander para ilustrar los ejemplos prácticos de los temas estudiados. Invitamos al lector a revisarlos para comprobar el funcionamiento de este programa y su interfaz gráfica. AMPLIACIÓN DE FUNCIONES DE RCOMMANDER La instalación del paquete de RCommander (Rcmdr) que vimos anteriormente prepara la interfaz para po- der realizar los análisis estadísticos básicos, aunque no todos los que pueden realizarse con el programa R. Cuando deseemos hacer un análisis o gráfico no dispo- nible en los menús que RCommander tiene en su insta- lación básica, tendremos dos posibilidades. La primera, escribir el comando en la ventana de RCom- mander o en la consola de R. Podemos combinar estos comandos con los que la interfaz gráfica genera de ma- nera automática. La segunda, instalar complementos de RCommander que amplían sus funciones básicas. Estos paquetes complementarios se denominan habitualmente con el nombre de plugins . Para poder utilizar los plugins de RCommander, es ne- cesario que previamente tengamos cargado el paquete correspondiente en R, al igual que con cualquier otro paquete que amplíe la funcionalidad base de R. Para ello, como ya hemos comentado, utilizaremos el co- mando install.packages. Supongamos que queremos utilizar el plugin Rcmdr- Plugin.EZR. En primer lugar, lo cargamos en R con el si- guiente comando: > install.packages(“RcmdrPlugin.EZR”, dependencies = TRUE) Cuando lancemos RCommander, este cargará de forma automática todos los plugins que hayamos instalado previamente, aunque será preciso activarlos para po- der utilizarlos. Para ello, seleccionaremos las opciones del menú He- rramientas  Cargar plugin/s de Rcmdr… Aparecerá una ventana donde figurarán todos los plugins instalados. Solo tendremos que seleccionar el que nos interese y quedará incorporado a la interfaz. Es habitual que el programa nos solicite reiniciar RCom- mander para poder utilizar el nuevo plugin . En caso de que no lo haga y el plugin no se active, podemos forzar el reinicio de RCommander a través del menú, seleccio- nando Fichero  Salir  Reiniciar RCommander. Otro aspecto a tener en cuenta es que RCommander no puede activar dos plugins de forma simultánea. En el caso de que queramos cambiar de plugin dentro de la misma sesión, podemos hacerlo con la misma opción del menú, forzando un reinicio de RCommander si es necesario. Por último, es preciso saber que los plugins que acti- vemos pueden añadir o modificar las opciones de los menús de RCommander para poder dar acceso a las funcionalidades adicionales que proporcionan. Existen numerosos plugins para RCommander y cons- tantemente se desarrollan otros nuevos. Entre los más útiles, en el momento actual, podemos señalar los si- guientes: ■ RcmdrPlugin.depthTools: implementa herramientas estadísticas para la descripción y el análisis de datos de expresión génica basados en el concepto de pro- fundidad de datos. ■ RcmdrPlugin.DoE: diseño de experimentos. ■ RcmdrPlugin.EBM: complemento de medicina basada en la evidencia. ■ RcmdrPlugin.epack: complemento para series tempo- rales. ■ RcmdrPlugin.EZR: agrega una variedad de funciones estadísticas, incluidos análisis de supervivencia, aná- lisis ROC, metanálisis, cálculo del tamaño de la mues- tra, etc. ■ RcmdrPlugin.FactoMineR: dedicado al análisis de da- tos multivariante. ■ RcmdrPlugin.KMggplor2: realiza diagramas de Kaplan-Meier y otros diagramas utilizando el paque- te ggplot2. ■ RcmdrPlugin.NMBU: amplía los modelos lineales y proporciona nuevas interfaces ampliadas para una serie de pruebas estadísticas avanzadas.